电影《银河补习班》结局是马飞化险为夷，平安的完成了任务回到了地面，他和父亲都完成了自己心中的目标，两个人的感情也更加深厚，在马飞和马皓文心中他们彼此都是对方的骄傲。
马皓文从一名设计师变成了劳改犯，老婆也和自己离婚了，马皓文在监狱里没办法照顾儿子，前妻为了更好的生活选择去外地做生意，将儿子马飞放在了寄宿学校里，结果马飞在寄宿学校里缺少关心和教育，逐渐成为了问题少年。
等到马皓文出狱，一切都变了，马飞和自己的感情也不好了，他的学习和生活也是一团糟。不过马皓文并没有放弃，他知道是自己对不起儿子，所以他准备用自己的方式来教育儿子，重新让儿子的生活走向正轨。所有人都不理解马皓文，觉得马皓文将儿子当成了实验品，他们都不理解马皓文对儿子的爱，最后马皓文成功的将马飞培养成了宇航员，父子俩的感情也越来越深。