在《火影忍者》中，佐助最后没有死，他和漩涡鸣人决战后两个人都断了一只手臂，鸣人安上了义肢，但佐助却拒绝了为自己重新装上一只手臂，所以佐助从此变成了独臂。他和小樱有了一个女儿，从此便一个人在外巡视忍界。
佐助是火之国木叶隐村宇智波一族的天才忍者，同时也是六道仙人长子因陀罗的查克拉转世者。在他小时候曾经因为亲眼目睹了哥哥将宇智波一族全部杀害而决心走上了复仇之路，他在终末之谷和漩涡鸣人展开激战，将鸣人打败后选择追随大蛇丸。
佐助用三年的时间成功的将大蛇丸吸收，还成功的打败了自己的哥哥宇智波鼬，但佐助也因此从带土口中知道了哥哥灭族的真相，所以佐助又决定要去毁掉木叶。不过最后佐助被鼬说服，改变了自己的想法，他还复活了大蛇丸，继承了鼬的意志继续去守护木叶，同时佐助还希望自己可以成为火影好改变木叶的政治体制。