《隐秘而伟大》是原创剧本，并不是小说改编，之后电视剧的编剧黄琛和蒲维联合创作了和电视剧同名的小说《隐秘而伟大》。电视剧主要讲述了心怀正义的小警察顾耀东在遇到地下党沈青禾和夏继成后，历经诸多磨砺最终成为一名出色的共产党员的故事。
顾耀东从小在上海的弄堂里长大，他同时还是一名法学院的高材生，顾耀东有着“匡扶正义，保护百姓”这样崇高的理想，他在大学毕业后成为了一名警察。顾耀东对未来充满了美好的憧憬和期待，但令他没有想到的是，刚到警察局顾耀东就遭遇了同事们的排挤打压，还被卷入了共产党地下情报网和国民党警察的激烈博弈中。
在当时那个动乱的年代中，顾耀东不仅需要保护自己的，同时他还要在正义与邪恶的对峙中做出忠于自己信仰的选择。最后，顾耀东在地下党夏继成和沈青禾的帮助下成为了一名光荣的共产党人，同时顾耀东还收获了宝贵的爱情，和沈青禾走到了一起。