《天行九歌》和《秦时明月》是姊妹篇，但是在故事线上是独立的，并没有什么关系。《秦时明月》讲述的是秦朝末年发生的故事，而《天行九歌》则将故事背景放在了战国时代，讲述诸子百家发生的各种事情。
两部作品中的部分角色和故事背景有所重叠，但它们却是相互独立的长篇系列故事，各自有着清晰的主线和剧情，所以《天行九歌》不是《秦时明月》的特别篇，《天行九歌》和《秦时明月》是姐妹篇。
在《天行九歌》中，赤练还是韩国的公主红莲，张良也依然是个世家子弟，而嬴政依旧在吕不韦的控制中，盖聂是嬴政身边第一剑客，卫庄是新郑城中的神秘青年，李斯这个时候刚刚进入秦国开始争夺权力。不过这并不代表可以将两部作品放在一起分析，这样做的话其中会有很多bug无法解释，因此也可以看出，它们其实是两部独立的作品，剧情并不是上下串联起来的。